En 1945, cerca del final de la Segunda Guerra Mundial, el piloto kamikaze Kōichi Shikishima aterriza en una base japonesa en la isla de Odo. El mecánico principal Tachibana deduce que Shikishima había huido de su deber fingiendo problemas técnicos. Esa noche, Godzilla, un dinosaurio mutante, ataca. Shikishima no se atreve a dispararle al monstruo desde su avión y queda inconsciente. Tachibana, el único superviviente del ataque, culpa a Shikishima por no actuar.

En 1946, Shikishima regresa a casa y encuentra a sus padres muertos en el bombardeo de Tokio. Acosado por la culpa del superviviente, trabaja como dragaminas y comienza a apoyar a una mujer, Noriko Ōishi, cuyos padres también murieron en el bombardeo, y a un bebé huérfano, Akiko, a quien Noriko rescató. Más tarde ese año, Godzilla muta y adquiere poderes gracias a las pruebas nucleares de Estados Unidos en el atolón Bikini; destruye varios buques de guerra estadounidenses antes de dirigirse a Japón. Debido a las tensiones con la Unión Soviética, Estados Unidos no ofrece ayuda salvo unos pocos buques. El gobierno japonés, preocupado por provocar pánico, no notifica al público sobre el peligro.